นฤบดินทร์เริ่มลงแข่งขันให้กับทีมชาติไทย ตั้งแต่รุ่นอายุ 12, 13, 16, 19 ปี ซึ่งอยู่ในชุดที่เข้าถึงรอบสุดท้าย ฟุตบอลเยาวชนชิงแชมป์เอเชีย ที่สหรัฐอาหรับเอมิเรตส์[1] และชุดใหญ่ ซึ่งอยู่ในชุดที่ได้เหรียญทองฟุตบอลชาย ในกีฬาซีเกมส์ 2013 ชนะเลิศรายการ เอเอฟเอฟ ซูซูกิ คัพ 2014 รวมทั้ง ซีเกมส์ 2015 ตามลำดับ

ในวันที่ 20 สิงหาคม พ.ศ. 2562 นฤบดินทร์ มีชื่อติดทีมชาติไทยเบื้องต้น 33 คน[10] และในวันที่ 1 กันยายน พ.ศ. 2562 นฤบดินทร์ ยังคงมีชื่อติดทีมชาติไทยในรอบที่ตัดตัวเหลือ 23 คนสุดท้าย ในการแข่งขันฟุตบอลโลกรอบคัดเลือก นัดที่ไทยจะเปิดบ้านพบกับเวียดนามและออกไปเยือนอินโดนีเซีย[11]